Фамилия Мышкин в подавляющем большинстве случаев — это отчество, образованное от нецерковного имени Мышка. Такие имена были широко распространены на Руси до XVII века, и давали их вовсе не из пренебрежения. Называя ребёнка Волком, Соловьём, Калиной или Мышкой, родители верили, что природа воспримет его как своего, а самому человеку перейдут полезные качества избранного зверя или птицы.

Мирское имя Мышка фиксируется в новгородских землях как минимум с XVI века. В труде С. Б. Веселовского «Ономастикон» упомянут Мышка Иван, крестьянин, 1545 год. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Мышкин буквально значит «сын Мышки», то есть потомок человека по имени Мышка.

Стоит различать фамилию Мышкин и прозвище Мышка. Если имя давали с надеждой на покровительство природы, то прозвище Мышкой могли получить юркий, тихий или неприметный человек. Впрочем, для фамилии решающей была именно форма имени, а не его оценка.

Интересно, что с мышью в народной культуре связано множество примет, и часть из них отразилась в бытовых запретах. Например, женщинам не рекомендовали брать мышь в руки или убивать её — считалось, что иначе не будет удаваться хлеб. Такое отношение к зверьку показывает, что имя Мышка не несло в себе ничего оскорбительного, а скорее отражало близость к крестьянскому миру и его суевериям.

Самая известная фигура с этой фамилией — Ипполит Николаевич Мышкин (1848–1885), революционный народник. Он организовал нелегальную типографию, а в 1875 году предпринял дерзкую попытку освободить Н. Г. Чернышевского из сибирской ссылки. За эту деятельность его казнили. Благодаря ему фамилия Мышкин прочно ассоциируется с историей русского революционного движения, хотя самих Мышкиных среди крестьян, мещан и духовенства было немало и до него.

Встречается и редкий вариант написания с двумя «ш» — Мышшкин, но он, скорее всего, возник из-за ошибок в документах. Основная же масса носителей фамилии происходит из северных и центральных губерний России, где имя Мышка было особенно распространено.