Основой фамилии Мышкин послужило мирское имя Мышка. Фамилия Мышкин восходит к нецерковному имени Мышка. Давая младенцу такие имена, как, например, Волк, Мышка, Соловей, Калина, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделён избранный представитель животного или растительного мира. Женщинам нельзя брать мышь в руки или убивать ее, иначе хлеб не будет удаваться. Веселовского записан Мышка Иван, крестьянин, 1545 г., Новгород. Среди известных обладателей этой фамилии – Ипполит Николаевич Мышкин (1848-85), революционный народник, организатор издания нелегальной литературы. В 1875 пытался освободить Н. Чернышевского из сибирской ссылки. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мышка, со временем получил фамилию Мышкин.