Фамилия Мышкина образована от нецерковного имени Мышка. В старину такие имена, как Волк, Соловей, Калина или Мышка, давали с верой в то, что природа примет ребёнка за своего и поделится с ним полезными качествами своего представителя. Считалось, что имя-оберег защитит человека от злых сил, а качества зверя или растения перейдут к носителю. Поэтому Мышкой могли назвать не в обиду, а с пожеланием ловкости, юркости и умения найти выход из любой беды.

Словообразовательная модель проста: к основе Мышк- добавили типичный русский суффикс -ин, который указывает на принадлежность. Первоначально Мышкина означало «дочь или жена Мышки», а для мужской линии — «сын Мышки». Со временем притяжательное значение стёрлось, и фамилия закрепилась как наследственная.

С этим корнем связано и народное поверье: женщинам не рекомендовали брать мышь в руки или убивать её, иначе не будет удаваться хлеб. Такое отношение к мелкому зверьку отражает глубокую связь крестьянского быта с природными приметами, где даже мышь играла свою роль в благополучии дома.

В исторических документах встречается Иван Мышка, крестьянин из Новгорода, записанный в 1545 году. С. Веселовский упоминает его в своих ономастических разысканиях. Это подтверждает, что имя бытовало в северорусских землях уже в XVI веке.

Среди носителей фамилии есть и яркая историческая фигура — Ипполит Николаевич Мышкин (1848–1885), революционный народник. Он организовал издание нелегальной литературы, а в 1875 году предпринял смелую попытку освободить Николая Чернышевского из сибирской ссылки. За свою деятельность Мышкин поплатился жизнью, но его имя осталось в истории русского освободительного движения.

Интересно, что фамилия Мышкина может иметь и второе прочтение. В некоторых говорах мышкой называли не только зверька, но и небольшой мышечный мускул, а также деталь ткацкого станка. Впрочем, версия с мирским именем остаётся основной: она подкреплена и документальными записями, и логикой народной традиции имянаречения.

Таким образом, носительница фамилии Мышкина может считать своим предком человека, которого в XVI веке ласково или с обережной целью называли Мышкой. Фамилия сохранила память о тех временах, когда имя было не просто ярлыком, а пожеланием судьбы.