Фамилия Мышкова — женская форма фамилии Мышков, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Окончание -а здесь чисто грамматическое, показатель женского рода, а сама фамилия образована по типичной русской модели «основа + -ов/-ев». Мужской вариант Мышков, в свою очередь, происходит от прозвища или имени Мышок. Это уменьшительная форма от слова «мышь», но не обязательно с уничижительным оттенком. В русских говорах «мышок» могли называть маленького, юркого человека, того, кто тихо передвигается или любит тайком что-то делать. Второй, менее очевидный вариант: в некоторых диалектах «мышкой» называли мышцу (отсюда современное «мышца»), и прозвище могло относиться к физически сильному человеку — с намёком на бицепс, «мышку». Эта версия правдоподобнее, если учесть, что фамилия Мышков встречается в южнорусских регионах, где слово «мышка» в значении «мышца» было в ходу.

Словообразовательная цепочка выглядит так: прозвище Мышок → отчество Мышков (чей сын? — Мышков) → фамилия Мышков. Суффикс -ов- — самый распространённый патронимический формант в русских фамилиях, указывающий на принадлежность к отцу. Мышкова, соответственно, — дочь или жена Мышкова.

Интересно, что фамилия Мышкова не связана с животным напрямую, как может показаться. В ономастике есть параллели: фамилия Мышкин образована от имени Мышь (древнерусское нецерковное имя), а Мышков — от уменьшительного Мышок. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» такие модели описаны как характерные для прозвищ, описывающих внешность или поведение. Географически фамилия Мышков (и Мышкова) чаще всего фиксируется в центральных и южных областях России, а также в Беларуси, что указывает на её восточнославянское происхождение.

Сословная принадлежность по фамилии не определяется: Мышковыми могли быть и крестьяне, и мещане, и купцы. Известных исторических личностей с этой фамилией в открытых источниках нет, но это не делает её менее ценной для тех, кто носит её сегодня. Главное, что стоит запомнить: предки носителя фамилии Мышкова, скорее всего, получили прозвище за подвижность, небольшой рост или, наоборот, за силу — и это прозвище закрепилось в роду уже несколько веков назад.