Фамилия Мышковская — женская форма, образованная от мужской Мышковский. Такие фамилии на -ский/-цкий в большинстве своём принадлежали польской, украинской или белорусской шляхте, а также русскому духовенству (семинарские фамилии). В Польше и на западе бывшей Речи Посполитой окончание -ский указывало на владельческий статус: Мышковский — «тот, кто из Мышкова» или «владелец имения Мышково».

Словообразовательная основа — «Мышк-». Это уменьшительная форма от «мышь», но не в прямом значении грызуна. В древнерусских и западнославянских прозвищах «Мышка» или «Мышко» часто давали человеку невысокого роста, юркому, тихому или, наоборот, обладающему острым слухом. Иногда так называли того, кто ловил мышей — например, кота или даже человека, занимавшегося истреблением грызунов в амбарах. Впрочем, основная версия — прозвище по внешности или характеру.

География фамилии указывает на западное происхождение. В Российской империи фамилии на -ский были особенно распространены среди дворянства и духовенства, но Мышковские могли быть и крестьянами, получившими фамилию по названию деревни. В польских и белорусских архивах встречаются топонимы Мышково, Мышковичи, Мышки — оттуда и пошли Мышковские. После разделов Польши многие носители такой фамилии оказались в составе Российской империи, и их фамилия писалась уже по-русски, с окончанием -ая для женщин.

Интересная деталь: в отличие от более простых фамилий вроде Мышкин (от прозвища), Мышковская несёт оттенок принадлежности к месту или роду. Это не просто «дочь Мышки», а скорее «происходящая из рода Мышковских» — что в польской традиции было маркером шляхетства. Однако с течением времени сословные границы стёрлись, и сегодня Мышковская может встретиться в любой среде, от интеллигенции до сельских жителей.

В дореволюционных источниках фамилия иногда писалась через «ы» — Мышковская, что подтверждает её славянскую, а не тюркскую или финно-угорскую основу. Встречается также вариант Мышковска (польское произношение) — у потомков эмигрантов первой волны.