Фамилия Мышковских — редкая и яркая по своей форме. Она сразу бросается в глаза окончанием -ских, которое указывает на польское или западнорусское происхождение. В отличие от массовых русских фамилий на -ов/-ев, модель на -ский и -ских в XVI–XVII веках была характерна для шляхты, а затем распространилась среди духовенства и крестьян западных губерний. Форма Мышковских — это родительный или предложный падеж множественного числа, то есть буквально «из рода Мышковских». Такие фамилии часто закреплялись за целой семьёй или ветвью рода, жившей в одном селе, и передавались без изменений.

Основа фамилии — Мышко или Мышка. Это не обязательно «мышь» в прямом смысле. В славянской антропонимии прозвища от названий животных были обычным делом, но часто они не указывали на внешность, а служили тотемными или обережными именами. Мышко могло быть уменьшительной формой от дохристианского имени Мыш — так называли ребёнка, чтобы злые духи не обратили на него внимания (мышь мелкая, незаметная). С другой стороны, в польских землях было распространено личное имя Myszka (Мишка) как вариант имени Михаил, и фамилия могла означать «потомок Мишки» — то есть сын или слуга человека по имени Мышко.

Есть и менее очевидная, но правдоподобная версия: фамилия могла образоваться от названия населённого пункта. В Польше и Беларуси встречаются сёла и хутора с корнем Мышь — например, Мышково или Мышки. В таком случае Мышковские — это дворяне или крестьяне, которые владели землёй или жили в этом месте. Поскольку фамилии на -ских часто закреплялись за шляхтой, не исключено, что предки носителей фамилии относились к мелкопоместному дворянству западных губерний Российской империи (современные Беларусь, Смоленщина, Псковщина).

Сейчас фамилия Мышковских встречается редко, в основном в центральной России и на Урале, куда в XIX веке переселялись крестьяне из западных регионов. Из-за окончания -ских её часто ошибочно склоняют (говорят «Мышковскому» вместо «Мышковских»), но по правилам русской грамматики такие фамилии не склоняются. В написании возможна путаница: встречаются варианты Мышковский (мужской род) и Мышковская (женский), однако форма Мышковских — это единая фамилия для всех членов семьи, что типично для северных и сибирских говоров, куда переселенцы принесли эту модель.