Основой фамилии Мышковский послужило мирское имя Мышка. Фамилия Мышковский восходит к нецерковному имени Мышка. Давая младенцу такие имена, как, например, Волк, Мышка, Соловей, Калина, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделён избранный представитель животного или растительного мира. Женщинам нельзя брать мышь в руки или убивать ее, иначе хлеб не будет удаваться. Веселовского записан Мышка Иван, крестьянин, 1545 г., Новгород. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мышка, со временем получил фамилию Мышковский.