Фамилия Мышковский — одна из тех, что хранят память о дохристианских, мирских именах Древней Руси. В её основе лежит нецерковное имя Мышка, которое давали ребёнку задолго до крещения. Такой обычай был широко распространён: наряду с именами Волк, Соловей или Калина, имя Мышка должно было сделать дитя «своим» для природы. Считалось, что через имя ребёнку передаются качества избранного зверя или растения — в данном случае мышиная юркость, незаметность и умение находить выход из самых тесных нор.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: к основе Мышк- добавили типичный для польской и западнорусской традиции суффикс -овск-, который указывает на принадлежность роду или месту. Со временем форма Мышковский закрепилась как фамилия, означающая «сын или потомок Мышки». Впрочем, нельзя исключать и топонимическую версию происхождения: в Польше и на западе Беларуси встречаются сёла с названиями Мышковичи, Мышков, и фамилия могла возникнуть как указание на выходца из этих мест. Однако более правдоподобной выглядит именно связь с личным именем, поскольку она подтверждается документальными записями.

Одно из ранних упоминаний имени Мышка находим в труде историка С. Б. Веселовского: Мышка Иван, крестьянин, 1545 год, Новгород. Эта запись показывает, что имя бытовало в северных русских землях в XVI веке, а значит, и фамилии на его основе могли возникать независимо в разных регионах. С мышами в народной культуре связано немало примет, и часть из них отразилась в бытовых поверьях. Например, считалось, что женщинам нельзя брать мышь в руки или убивать её — иначе не будет удаваться хлеб. Такое отношение к маленькому зверьку лишний раз подчёркивает, что имя Мышка не было обидным прозвищем, а воспринималось как оберег.

В отличие от более частотных фамилий на -ов и -ин, форма на -ский встречается реже и часто указывает на дворянское или шляхетское происхождение рода, особенно если речь идёт о польско-литовских землях. В русской же среде такие фамилии нередко получали выходцы из духовенства или переселенцы, желавшие подчеркнуть своё происхождение из конкретной местности. Поэтому у Мышковских возможны две линии: потомки крестьянина Мышки из новгородских земель и шляхта из-под Мышкова. Точную родословную конкретной семьи можно установить только через архивные разыскания, но само имя-основа остаётся неизменным — короткое, цепкое, с характерным уменьшительным суффиксом, которое звучит и сегодня как привет из глубины веков.