Фамилия Мышков — одна из тех, где связь с животным миром лежит на поверхности, но не спешите с выводами. Прямое прозвище «Мышка» за человеком действительно могло закрепиться, но необязательно из-за маленького роста или тихого нрава. В старину «мышкой» называли не только грызуна, но и мышцу, мускул (это значение сохранилось в родственных славянских языках). Так что предок Мышков мог быть жилистым, сильным человеком с рельефной мускулатурой — прозвище по внешней примете, а не по характеру.

Модель образования простая: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — Мышков), то есть сын или потомок человека по прозвищу Мышка. Это типичная патронимическая фамилия, каких большинство в русском ономастиконе. По той же схеме сложились Мышкин, Мышонков, но Мышков встречается реже — возможно, из-за того, что основа без уменьшительного суффикса звучала грубее и закреплялась за взрослыми мужчинами, а не за детьми.

Есть и другая, менее очевидная версия. В некоторых говорах «мышковать» означало «охотиться на мышей» (о кошке) или, в переносном смысле, «выслеживать, красться». Мышковым могли прозвать человека с соответствующей повадкой — скрытного, осторожного, промышляющего тайком. Однако эта гипотеза слабее: глагольная основа реже даёт прозвища без суффикса действия.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине, где мягкое «ш» в основе не редкость. Встречается и у белорусов, но в форме Мышкоў. В дворянские роды Мышковы не входили — это фамилия крестьянская или мещанская, что подтверждается отсутствием в «Бархатной книге» и других родословных сборниках.

Любопытная деталь: в XIX веке в некоторых переписях фамилию записывали как Мышковъ, а в устной речи на Дону могли произносить с ударением на первый слог — Мышков, в отличие от литературной нормы с ударением на последний. Эта вариативность говорит о том, что фамилия бытовала в среде малограмотных крестьян, где написание диктовалось слухом, а не правилами.