Фамилия Мышка — редкий случай, когда прозвище животного сохранилось в чистом виде, без суффиксов -ов, -ин или -ский. Это так называемая «неоформленная» фамилия, то есть она совпадает с нарицательным словом и не прошла типичную для русских фамилий суффиксальную обработку. Такая модель встречается реже остальных и характерна в основном для украинской, белорусской и южнорусской традиции, где фамилии вроде Сорока, Жук или Мышка могли закрепиться без изменений.

Основа фамилии — слово «мышка», которое могло быть не только названием грызуна, но и уменьшительно-ласкательной формой имени Михаил (через народное Михал, Михей). В русских говорах «мышкой» также называли мышцу (отсюда «мышца»), небольшой выступ или деталь в ткачестве. Однако в основе фамилии скорее лежит прозвище, данное человеку за внешнее сходство: маленький рост, юркость, тихий голос или сероватый цвет волос. Прозвища от названий животных были одними из самых древних и давались без насмешки — просто как яркая примета.

Географически фамилия Мышка чаще всего встречается на западе России, в Беларуси и на Украине, где «мышка» — обычное слово для обозначения мыши. В польском языке есть аналогичная фамилия Myszkа, которая могла попасть в русские земли через шляхту или крестьянские переселения. Встречается и вариант Мышкин — но это уже другая модель, с суффиксом принадлежности.

С этимологической точки зрения спорных версий немного. Версия о происхождении от имени Михаил (через «Мышка» как домашнее прозвище) правдоподобна, но менее вероятна: такие сокращения обычно давали суффикс -к-, но в сочетании с именем чаще возникали формы Мишка, Михалка. Прямое прозвище по животному — основной и самый простой путь.

В дореволюционных переписях носители фамилии Мышка встречаются среди крестьян и мещан, особенно в западных губерниях. Известных исторических деятелей с этой фамилией нет — она оставалась в тени, что типично для прозвищных фамилий без дворянского статуса. Сегодня фамилия редкая, но не исчезнувшая: её можно встретить в России, Беларуси и среди украинской диаспоры.