Фамилия Мошкина образована от мирского имени Мошка — так в старину называли человека, носившего одно из церковных имен: Мирон (греч. «благоухающий»), Парамон (греч. «твердый», «надежный», «верный») или Моисей (предположительно от египетского «извлеченный из воды»). Просторечная форма Мошка возникла в бытовой речи, где длинные и непривычные церковные имена сокращали до короткого и удобного в произношении. Поэтому точную исходную форму имени предка установить сложно: все три варианта давали одинаковое уменьшительное прозвище.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русских фамилий: к основе Мошк- добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Фамилия Мошкина отвечает на вопрос «чей?» и буквально означает «дочь или жена Мошки». Такая форма с окончанием -а характерна для женской линии рода, тогда как мужской вариант — Мошкин. Оба варианта восходят к одному корню и не различаются по происхождению.

Скорее всего, основатель рода Мошкиных был человеком из простого сословия. Мирские имена, в отличие от крестильных, давали в домашнем обиходе, и фамилии от них чаще получали крестьяне, ремесленники и посадские люди, а не дворяне. Впрочем, однозначных сведений о сословной принадлежности первых носителей нет — письменные источники по этой фамилии фрагментарны.

Среди известных однофамильцев — Мошкин Пантелеймон Афанасьевич (1891–1971), советский химик-технолог. Он разрабатывал промышленные методы получения жирных кислот, дикарбоновых кислот, высших спиртов и гликолей, а также фурановых и фосфорорганических соединений. Его биография показывает, что фамилия не была привязана к одному роду занятий: потомки крестьянского рода могли стать учеными и инженерами.

Отдельного внимания заслуживает распространенность фамилии. Она встречается в центральных областях России, на Русском Севере и в Поволжье, что косвенно подтверждает ее народное происхождение — именно в этих регионах мирские имена держались дольше всего. Однокоренные фамилии Мошков, Мошковцев, Мошкин имеют ту же основу, но разные суффиксы, что говорит о независимом образовании в разных местностях.

Если говорить о значении, то фамилия Мошкина не связана с насекомым: созвучие с «мошкой» случайно. Корень здесь — от личного имени, а не от названия мошки или мошкары. Поэтому не стоит искать в фамилии прозвищный смысл, связанный с мелким существом или назойливостью, — перед нами чистая патронимическая модель, каких в русском языке тысячи.