Фамилия Мошкарина образована от мирского имени Мошкара — так в старину называли не только саму мошкару, то есть «мух и мошек с четырьмя крылышками накрест», но и человека, носившего это прозвище. Разбор здесь простой: к основе Мошкар- добавился притяжательный суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность «сын такого-то». Поэтому Мошкарин — это буквально «сын Мошкары», а Мошкарина — женская форма той же фамилии.

Имя Мошкара звучит для современного уха странно, но у славян оно имело охранительный смысл. Мухи и мошки ассоциировались со злыми богами, порчей и сверхъестественными силами, чаще враждебными человеку. Демонов нередко изображали в виде этих насекомых. Надеясь уберечь ребёнка от сглаза и болезней, родители нарочно давали ему «некрасивое», отпугивающее имя — считалось, что злые духи не тронут того, кто уже назван Мошкарой. Такой оберег должен был обеспечить мальчику здоровье и красоту, которые словно прятались за неблагозвучным прозвищем.

Подобная модель встречается у многих русских фамилий: Комар, Жук, Мухин, Соловей. Но Мошкара стоит особняком — это не отдельное насекомое, а собирательное название роя, что придаёт прозвищу оттенок множественности, назойливости. Возможно, так могли прозвать и живого, суетливого человека, который «вьётся» вокруг дела, но охранительная версия выглядит правдоподобнее: слишком уж устойчив у славян был обычай защищать детей «плохими» именами.

Суффикс -ин указывает на древность фамилии: такие формы закрепились в северных и центральных русских землях раньше, чем дворянские фамилии на -ов/-ев. Мошкарины, скорее всего, происходят из крестьянской или посадской среды, где мирские имена держались дольше всего. В письменных источниках фамилия встречается редко, что типично для прозвищ, не попавших в боярские родословцы, но сохранившихся в народной памяти и документах переписей.