Фамилия Мошкаров — один из тех случаев, когда корень слова настолько прозрачен, что сразу же подсказывает версию происхождения, но именно эта прозрачность и таит в себе ловушку. Основа «мошкар» с очевидностью отсылает к слову «мошкара» — мелкие летающие насекомые, гнус. Однако вряд ли прозвище Мошкара давали человеку за то, что он был назойлив или мал ростом. Скорее всего, здесь работает другая, уже забытая логика: в русских говорах «мошкарой» могли называть не только насекомых, но и человека, который постоянно суетится, мельтешит, делает много лишних движений. Такое прозвище было не столько обидным, сколько метким — им описывали непоседливого, беспокойного человека.

Суффикс -ов в фамилии указывает на стандартную модель русской фамилии-притяжательности: Мошкаров — буквально «сын Мошкаря». Но интересно, что в данном случае мы имеем не имя, а прозвище, которое закрепилось за родом. Переход от прозвища к фамилии произошел в XVI–XVII веках, когда крестьяне и посадские люди начали получать фамилии по отцу, и прозвищная основа зачастую оказывалась более живучей, чем крестильное имя.

Есть и альтернативная, более редкая версия, которую поддерживают некоторые ономасты, работающие с диалектными словарями. В псковских и тверских говорах «мошкара» могла означать не насекомое, а мелкую рыбешку — малька, снетка. В таком случае прозвище Мошкара мог получить рыбак, промышлявший ловлей мелкой рыбы, или человек, который торговал ею на базаре. Эта версия правдоподобна еще и потому, что фамилия Мошкаров встречается в основном в северо-западных областях России (Псковская, Новгородская, Тверская) — регионах, где рыболовство было основным промыслом.

География фамилии подтверждает, что это не случайный, а локальный очаг. В переписных книгах XVII века уже встречаются крестьяне с фамилией Мошкаров в Бежецком и Тверском уездах. Это говорит о том, что фамилия не пришлая, а сформировалась именно на этой территории. В отличие от многих «насекомых» фамилий (Комар, Муха, Жук), которые часто давали как охранительные (чтобы злые духи не трогали «худого» ребенка), Мошкаров, скорее всего, имеет чисто прозвищную, бытовую природу — без магии, с практическим смыслом.

Словообразовательно фамилия проста: корень «мошкар-» плюс суффикс -ов. Ударение, судя по современным носителям, чаще всего падает на последний слог: Мошкаро́в. Встречается и вариант с ударением на первый слог — Мо́шкаров, но он менее распространен и, вероятно, является позднейшим искажением при записи в документах.