Фамилия Мошкарин образована от мирского имени Мошкара, которое в древнерусской традиции давали ребенку не при крещении, а в быту. Основа имени — нарицательное «мошкара», то есть «мухи, мошки, с четырьмя крылышками накрест». На первый взгляд такое имя кажется странным, но за ним стоит вполне конкретный смысл, связанный с народными верованиями.

У славян мухи ассоциировались со злыми богами, порчей и сверхъестественными силами, чаще всего враждебными человеку. Демонов нередко изображали в виде этих насекомых. Поэтому имя Мошкара относится к разряду охранительных именований: родители сознательно давали ребенку «плохое» имя, чтобы отвести от него настоящую беду. Считалось, что злые духи не позарятся на того, кто уже назван Мошкарой, и не причинят ему вреда. Надеясь вырастить сына красивым и здоровым, отец с матерью как бы обманывали нечистую силу, и этот оберег работал веками.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Мошкарин — это «сын Мошкары», потомок человека, носившего такое мирское имя. Модель образования типична для русских фамилий, особенно распространенных в северных и центральных регионах России, где мирские имена держались дольше всего. В отличие от крестильных имен, которые давались по святцам, мирские прозвища часто отражали реалии крестьянского быта, природу и народные суеверия, поэтому Мошкара — не случайность, а часть целого пласта подобных именований.

Стоит отметить, что в некоторых говорах слово «мошкара» могло употребляться и в переносном значении — о суетливом, назойливом человеке. Но для фамилии эта версия менее вероятна: охранительная практика была широко распространена, а прозвище по характеру редко закреплялось за целым родом. Так что потомки Мошкары, скорее всего, носили имя-оберег, которое со временем превратилось в фамилию, сохранившую память о древних поверьях предков.