Основой фамилии Мошкарин послужило мирское имя Мошкара. Мирское имя Мошкара образовано от аналогичного существительного, которое означает «мухи, мошки, с четырьмя крылышками накрест». Вероятно, именование Мошкара было связано с символическим значением, которое имели мухи. Они обычно ассоциировалась у славян со злыми богами и порчей. Муха олицетворяла сверхъестественные силы, по большей части злые. Поэтому нередко демонов изображали в виде этих насекомых. Скорее всего, имя Мошкара относится к охранительным именованиям. В данном случае, надеясь иметь красивого и здорового мальчика, родители назвали его Мошкарой. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мошкара, со временем получил фамилию Мошкарин.