Фамилия Мошкарин образована от мирского имени Мошкара — так в старину могли назвать человека, и это имя легло в основу фамилии по модели, типичной для русских фамилий на -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мошкарин буквально означает «сын Мошкары», «тот, кто из рода Мошкары». Такая модель чаще встречалась на севере и в центральных русских землях, где фамилии от прозвищ и мирских имён образовывались именно с этим суффиксом, в отличие от южных и западных регионов, где преобладал -ов/-ев.

Само имя Мошкара восходит к нарицательному слову, которым называли мошек, мух и прочую мелкую летающую нечисть. В народном сознании мухи и мошки имели двойственное значение: с одной стороны, это докучливые насекомые, с другой — устойчивый символ злых сил и порчи. У славян муха нередко олицетворяла сверхъестественные существа, преимущественно враждебные человеку, и демонов часто изображали в виде этих насекомых. Поэтому имя Мошкара, скорее всего, относится к разряду охранительных имён: родители нарекали так ребёнка, чтобы отвести от него беду, обмануть злые силы. Считалось, что имя с негативным оттенком отпугнёт нечисть, и мальчик вырастет здоровым и красивым, вопреки «плохому» имени.

Впрочем, есть и более приземлённая версия: Мошкарой могли прозвать человека за особенности поведения или внешности — например, суетливого, юркого, не дающего покоя окружающим, или того, кто постоянно в движении, как мошкара. Такие прозвища по сходству с насекомыми встречались в крестьянской среде нередко и не всегда несли негативный оттенок — скорее, подчёркивали характерную черту.

Точное время и место возникновения фамилии Мошкарин установить сложно: фамилии в русских землях складывались постепенно, на протяжении нескольких столетий, и письменные источники по конкретной семье могли не сохраниться. Однако сама модель образования и редкое имя-основа делают эту фамилию заметным памятником народной культуры и языка, в котором отразились и древние верования, и живая наблюдательность наших предков.