Фамилия Мошкарева образована от личного имени или прозвища Мошкарь. В основе лежит нарицательное слово, которое В. И. Даль в «Толковом словаре живого великорусского языка» определяет как рыбу сига, которая летом хватает из воды мошку. Эта версия связывает фамилию с древним мирским именем: давая младенцу имя Мошкарь, родители стремились, чтобы природа воспринимала ребенка как своего, и чтобы ему передались полезные качества, присущие этой рыбе — ловкость и проворность.

Словообразовательная модель проста и прозрачна: суффикс -ев присоединялся к основе имени собственного, указывая на принадлежность потомку человека по имени Мошкарь. Такой тип фамилий — отчество, застывшее в родительном падеже, — один из самых распространенных в русской ономастике. Б. Унбегаун в своих трудах по русским фамилиям отмечает, что большинство фамилий на -ов и -ев образовано именно от крестильных или мирских имен.

Возможна и вторая трактовка: Мошкарь — не имя, а прозвище, которое человек получил уже во взрослом возрасте за сходство с одноименной рыбой. Сходство могли усматривать в быстроте реакции, неуловимости или особой манере поведения. Прозвища, перешедшие в фамилии, нередко отражали не внешность, а характер или привычки, поэтому версия выглядит правдоподобной, хотя и менее вероятной, чем первая: мирские имена от названий животных и рыб встречались на Руси повсеместно.

Обратим внимание на редкий для современного уха корень. Фамилия Мошкарева — не частотная, и это делает ее особенно интересной. Она сохранила в себе слово, которое сегодня почти вышло из живого употребления и знакомо в основном по диалектным словарям. Однокоренных фамилий немного, и Мошкаревы не смешиваются с более распространенными Мошкиными или Мошковыми, у которых основа иная — от слова «мошка» или от имени Мошка.

Точных сведений о сословной принадлежности первых Мошкаревых нет, но модель фамилии указывает на крестьянскую или посадскую среду, где мирские имена держались дольше всего, вплоть до XVII века. В документах тех лет фамилия могла писаться по-разному, но устоявшаяся форма с суффиксом -ев закрепилась окончательно.