Фамилия Мошканов происходит от прозвища или нецерковного имени Мошкан. Основа здесь — «мошка», то есть мелкое двукрылое насекомое. В русских говорах у слова «мошка» было и переносное значение: так могли назвать маленького, юркого, назойливого человека или, наоборот, того, кто постоянно суетится и мельтешит. Суффикс -ан- в основе (Мошкан) типичен для обиходных русских личных имён и прозвищ (ср. Иван, Степан, а также Болван, Дурман). Он придавал слову оттенок просторечия или даже уничижительности, но в случае с прозвищем это не обязательно оценка — скорее характерная черта.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: Мошкан — сын Мошкана, отсюда Мошканов. Такая схема с суффиксом -ов характерна для центральных и северных регионов России, где фамилии чаще всего закреплялись в XVI–XVII веках. Встречается Мошканов в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно указывает на возможное расселение носителей прозвища из новгородских или владимирских земель.

В ономастике есть и альтернативное объяснение: связь с тюркским словом «мош» (или «моша») — «мешок», «кошель». Тогда Мошкан мог быть прозвищем сборщика податей или торговца, носившего при себе мошну. Но эта версия менее убедительна: слово «мошна» в русском языке давно и широко употреблялось само по себе, и фамилия от него образовывалась бы скорее как Мошнин или Мошков. Форма Мошканов уверенно держится за насекомое или уменьшительное прозвище.

Среди однокоренных фамилий — Мошкин, Мошков, Мошкалёв. Мошканов стоит особняком из-за редкого суффикса -ан-, который делает её более «крестьянской» по звучанию: такие фамилии чаще встречались у черносошных крестьян, а не у дворян или духовенства. В дореволюционных переписях Мошкановы фиксировались в Казанской и Симбирской губерниях, что подтверждает её непривилегированное происхождение.