Фамилия Мошканова — женская форма фамилии Мошканов, а та, в свою очередь, образована через суффикс -ов от прозвища или нецерковного имени Мошкан. В основе лежит слово «мошка» — мелкое двукрылое насекомое, гнус, комарьё. Прозвища, данные в честь мошек, комаров, мух, были в дофамильную эпоху обычным делом: так могли назвать маленького, юркого, надоедливого человека, либо, наоборот, того, кто «вьётся» рядом, не отстаёт. В говорах «мошкой» называли не только насекомое, но и мелкую рыбу (малька), а также крошечную вещицу — это расширяет круг возможных значений прозвища.

Суффикс -ан в основе Мошкан — уменьшительный или уничижительный, как в словах «мальчуган», «старикан», «буян». То есть Мошкан — это «маленькая мошка», «мошка-кроха». Фамилии на -анов (-анов) не так часты, как на -ов, и обычно указывают на прозвище, которое закрепилось за родоначальником уже в XVI–XVII веках. В отличие от фамилий на -ин (например, Мошкин), которые могли произойти напрямую от слова «мошка», здесь промежуточная форма Мошкан говорит о более сложном словообразовании: сперва было прозвище Мошкан, а от него пошла фамилия.

Географически фамилия Мошканов встречается в основном в Поволжье и на Урале, особенно в Пермском крае, Кировской области, Удмуртии. В этих местах слово «мошка» в значении «гнус» было обиходным, а прозвища по насекомым — естественны для крестьянской среды. Сословно носители фамилии, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами: фамилии на -ов редко встречались у дворян, если только не образовывались от боярских прозвищ, но Мошканов к таким не относится.

Редкий вариант с двумя «н» — Мошканнов — мог возникнуть при записи фамилии в документах, когда писарь механически удвоил согласную, но основная, исторически верная форма — с одной «н». В этимологическом словаре русских фамилий Б. Унбегауна фамилии от «мошка» упоминаются в ряду «насекомых» прозвищ, но без отдельного разбора Мошканова — это не массовая, а локальная фамилия, что делает её особенно интересной для семейной истории.