Фамилия Машотас — редкая для России, но не уникальная. Она явно указывает на литовские или, шире, балтийские корни. В русском языке фамилии на -ас, -ис, -ус почти всегда имеют литовское происхождение и не были переделаны под славянские суффиксы (вроде -ов или -ин). Такой тип фамилий характерен для жителей бывшего Великого княжества Литовского, особенно для крестьян и мещан, которые в XIX веке получили официальные фамилии, часто — от имени или прозвища отца.

Основа «Машот» (Mašotas) восходит к литовскому слову mašyti — «мешать», «размешивать» или к mašas — «мешок». В первом случае прозвище могли дать человеку суетливому, непоседливому, тому, кто «мешает всё в кучу». Во втором — речь о прозвище по роду занятий: мешочник, торговец, возможно, человек, носивший мешки или шивший их. Суффикс -от- (лит. -otas) образует прилагательные со значением обладания признаком: mašotas значит «с мешком», «мешковатый». Так что Машотас — это буквально «Мешковатый» или «Мешочник».

Встречается фамилия и в Литве, и в западных областях России, куда литовское население переселялось или где жило исторически (Калининградская, Псковская области). В русской среде фамилию часто адаптировали произносительно: ударение ставили на второй слог (Машо́тас) или вовсе отбрасывали окончание, записывая как Машот. Но исконная литовская форма — с ударением на первый слог.

Споров о происхождении почти нет: версия с «мешком» — основная и подтверждается словообразовательной моделью. Альтернативная гипотеза — связь с именем Маш (уменьшительное от Матвей или Томас) — слабее, так как литовские фамилии на -отас от личных имён образуются редко и обычно через другие суффиксы. Поэтому предки носителя фамилии Машотас, скорее всего, были литовскими крестьянами или ремесленниками, чьё прозвище закрепилось за родом.