Фамилия Машункина — яркий случай, когда женская форма прочно закрепилась в обиходе, хотя её основа уходит в мужское прозвище или имя. Перед нами нестандартная модель: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), а корень «Машунк-» выбивается из ряда привычных Машковых или Машиных. Здесь сработала уменьшительно-ласкательная цепочка: Мария → Маша → Машунька. Именно форма «Машунька» и легла в основу фамилии. В русской ономастике суффикс -к(а) в прозвищах часто давал фамилии на -кин (Машкин, Петькин), но вариант с -уньк- встречается реже и говорит о более тёплом, домашнем прозвище.

Поскольку фамилия заканчивается на -ина, её носительница — женщина. Мужской вариант, соответственно, Машункин. Такие фамилии, образованные от женских имён, в России обычно возникали в двух случаях: либо у женщины был внебрачный ребёнок, которого записывали по матери (так называемые «материнские» фамилии), либо в семье главой двора считалась вдова или мать-одиночка, и хозяйство именовали по ней. Впрочем, для фамилии Машункин возможен и другой путь: прозвище Машунька мог получить мужчина — например, ласково названный так женой или соседями за мягкий нрав или любовь к Мариям. В северных и центральных губерниях России такие «женские» прозвища у мужчин не были редкостью.

Географически фамилия тяготеет к центральной России, встречается в Тверской, Московской и Ярославской областях, но нигде не образует плотных гнёзд. Это редкая фамилия, не попавшая в массовые списки дворянских или купеческих родов. Её носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами — людьми, чьи прозвища закреплялись в документах уже в XIX веке, когда церковные имена перестали быть единственным источником фамилий.

С точки зрения словообразования фамилия Машункина интересна тем, что сохранила редкий суффикс -уньк-, который в русском языке используется для образования имён с оттенком нежности (дочунька, бабунька). В фамилиях этот суффикс почти не встречается, что делает Машункиных обладателями уникального языкового слепка — живого обращения, застывшего в официальном документе.