Фамилия Машункин — яркий пример того, как простое уменьшительно-ласкательное имя превратилось в родовое прозвище, а затем и в фамилию. В её основе лежит имя Машунка — народная, ласковая форма от канонического имени Мария. В крестьянской и мещанской среде такие «домашние» варианты (Манюня, Машура, Машутка) были обычным делом, и если в документах женщину могли записать полным именем, то в обиходе звали именно так.

Словообразовательная модель здесь классическая: суффикс -ин указывает на принадлежность. Машункин буквально означает «сын Машунки» или «тот, кто из семьи Машункиных». Это так называемая «матримониальная» фамилия, образованная от женского имени. В русской традиции такие случаи нередки, особенно если мать рано овдовела или играла главную роль в хозяйстве, либо если ребёнок рос без отца. Впрочем, иногда за женским именем мог скрываться мужчина по прозвищу Машунка (например, изнеженный или слишком привязанный к матери), но для фамилии Машункин первая версия — основная.

Географически фамилия редкая и локальная. По данным переписей и архивов, большинство носителей традиционно проживало в центральных и северных губерниях России — в Вологодской, Костромской, Ярославской областях. Это зона бытования «окающих» говоров, где имя Мария произносили с чётким «о» — Марья, отсюда и форма Машунка, а не Машенька.

Интересно, что фамилия сохранила архаичный суффикс -к- в основе (Машун-к-а), который в XX веке почти исчез из активного словообразования. Встретить сегодня Машункина в Москве или Петербурге можно, но это почти наверняка потомки тех самых крестьян из северных деревень. Других версий происхождения — от тюркских корней или от названия профессии — у этой фамилии нет, её этимология прозрачна и однозначна.