Фамилия Машунина образована от краткой формы распространенного женского имени Мария — Машуня. В переводе с древнееврейского языка оно означает «любимая, желанная», «госпожа». В результате, потомок женщины, обладающей именем Машуня, со временем получил фамилию Машунина. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Машуниных можно лишь на основании генеалогических исследований.