Фамилия Машунина образована от краткой формы распространённого женского имени Мария — Машуня. В переводе с древнееврейского языка оно означает «любимая, желанная», «госпожа». В результате потомок женщины, обладающей именем Машуня, со временем получил фамилию Машунина.

Здесь работает редкая для русских фамилий модель: суффикс -ин указывает на принадлежность, но не отцу, а матери. Такие «материнские» фамилии возникали в семьях, где женщина играла главную роль — например, после смерти мужа или при его долгом отсутствии. Так что предком Машуниных, скорее всего, была бойкая и уважаемая женщина, которую домашние звали Машуней, а её дети или внуки закрепили это имя в фамилии. Аналогично устроены фамилии Марьин, Машков, Машнин — все они отходят от одного корня, но каждая по-своему.

Любопытно, что в отличие от фамилий с суффиксом -ов, которые чаще указывали на отчество, форма Машунина сохраняет именно женское имя в основе. Это делает её ценной для историков: по ней можно судить о социальном укладе, где женщина могла передать своё имя потомкам. Процесс формирования фамилий был длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Машуниных можно лишь на основании генеалогических исследований. Но ясно одно: фамилия эта — не от прозвища и не от ремесла, а от тёплого домашнего имени, которое стало родовым.