Фамилия Маршунина — женская форма от Маршунин, а та, в свою очередь, образована от имени или прозвища Маршуня. Это уменьшительно-ласкательный вариант, скорее всего, от крестильного имени Марк (через форму Маршко) или от редкого имени Мартин (в народном произношении — Мартын). Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Маршунин, то есть сын или потомок Маршуни. В русских говорах такое окончание закрепилось за фамилиями, образованными от основ на -а, -я.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «маршун» или «маршуха». В псковских и тверских говорах так могли назвать человека с грузной, неловкой походкой, «марширующего» вразвалку. Однако прозвища на -ун обычно давали по характерному действию или внешности (крикун, молчун), так что эта версия слабее: корень «марш-» в значении «идти» — заимствование из немецкого, пришедшее в народный язык поздно, в XVIII–XIX веках. К тому моменту фамилии у крестьян уже активно оформлялись.

Интересная деталь: фамилия Маршунин (и её женская форма) довольно редкая, с заметной концентрацией в Вологодской и Архангельской областях. Северный след наводит на мысль, что основа могла быть не от Марка, а от канонического имени Мартиниан (в просторечии — Мартьян), сокращённого до Маршуня. В северных говорах цокали и «шокали», поэтому «Мартьян» легко переходил в «Маршан» или «Маршуня». В таком случае предок носителя фамилии был человеком, которого в деревне звали Маршуней, а его дети пошли по отцу — Маршунины.

Если сравнивать с однокоренными, то Маршунин стоит в одном ряду с Маршуковым, Маршавиным и Маршаловым, но отличается именно уменьшительным суффиксом -ун-, который в русских фамилиях встречается реже, чем -к- или -ов-. Это делает фамилию более «домашней» по происхождению — она возникла не из официального прозвища, а из семейного, обиходного имени.