Фамилия Маршунин — редкий пример, где суффикс -ин стоит не при отчестве от крестильного имени, а при прозвище, связанном с занятием или внешностью. Основа здесь — «маршун» или «маршунья». В русских говорах, особенно северных и сибирских, «маршун» — это не только тот, кто марширует (от французского marche), но и, по данным диалектных словарей, человек с необычной, подпрыгивающей походкой, «марширующий» в быту. Вторая, более прозаическая версия: «маршун» — производное от «марш» в значении «грязь, болото» (ср. «мар», «марь» в говорах), то есть прозвище жителя сырой, топкой местности. Обе версии правдоподобны, но первая — с походкой — встречается в ономастике чаще: фамилии от манеры ходить (Шагалов, Ступаков) не редкость, а «марш» в значении «болото» — более локальный, узкоареальный корень.

Суффикс -ин, в отличие от -ов, в этой фамилии указывает не на принадлежность отцу, а на прямую связь: Маршунин — буквально «сын Маршуна», где Маршун — личное прозвище. Такая модель типична для северорусских и сибирских фамилий, где прозвища часто закреплялись без патронимического суффикса -ович. Сравните с однокоренными, но более поздними образованиями: Маршунов (с суффиксом -ов) встречается у казаков и южан, а Маршунин — явно старше по типу и тяготеет к Вологодчине, Архангельской области, откуда позже мигрировали в Сибирь.

В сословном плане Маршунины — почти наверняка крестьяне или посадские. Дворянских родов с такой фамилией нет ни в «Бархатной книге», ни в списках столбового дворянства. Если верить разрозненным данным переписей XVII–XIX веков, фамилия встречается в основном в бывших вотчинах Соловецкого монастыря (Поморье) и у государственных крестьян Зауралья. Редкость написания с двумя «н» (встречается и вариант Маршунин с одной «н» в документах XIX века) — результат закрепления двойной «н» по аналогии с фамилиями на -инин (Пушкин, Репин), хотя этимологически здесь только одна «н»: Маршун + ин.

Спорным остаётся вопрос, не могло ли прозвище Маршун быть искажением от Маршак (еврейская фамилия, аббревиатура) или от Маршан (французское marchand — купец). Но для русского крестьянского контекста эти версии искусственны: ни торгового, ни иноязычного следа в ареале бытования фамилии нет. Так что самое простое и достоверное объяснение — прозвище по походке или, реже, по болотистой местности, закрепившееся на Русском Севере.