Фамилия Машунин образована от краткой формы распространенного женского имени Мария — Машуня. В переводе с древнееврейского оно означает «любимая, желанная», «госпожа». В результате, потомок женщины, обладающей именем Машуня, со временем получил фамилию Машунин.