Фамилия Мишунин произошла от крестильного имени Михаил, которое в переводе с древнееврейского означает «благонравный». Но путь от полного имени до фамилии длиннее, чем кажется: сначала от Михаила образовали ласковое домашнее прозвище Мишуня, а уже от него — фамилию с помощью типичного русского суффинкса принадлежности -ин. Такой суффикс указывал на «сына» или «родню»: Мишунин буквально значил «тот, кто из рода Мишуни».

Имя Михаил на Руси всегда было в числе самых частых: его носили и князья, и крестьяне, поэтому и производных форм от него возникло множество. Помимо Мишуни, в ходу были Мишуля, Миха, Михал, Михалко и, конечно, Миша. Каждое из этих прозвищ могло закрепиться за человеком и дать начало отдельной фамилии. Так появились однофамильцы-«родственники»: Мишулин, Мишанин, Мишагин, Мишуков. Все они — ветви одного генеалогического древа, уходящего корнями в имя библейского архангела.

Интересно, что суффикс -ин в фамилии Мишунин указывает на древность её образования. В северных и центральных русских землях такие фамилии складывались раньше, чем на юге, где чаще использовали -ов/-ев. Поэтому можно предположить, что первые Мишунины появились где-то в междуречье Волги и Оки, хотя точную географию без архивных данных не восстановить.

Само прозвище Мишуня звучало тепло и по-домашнему — так могли звать младшего сына, любимца или просто человека с мягким характером. Однако не стоит забывать: в старину прозвища не всегда отражали характер. Иногда Мишуней называли рослого, сильного мужчину в шутку — по контрасту с «медвежьим» именем, ведь Михаил в народной этимологии часто связывали с медведем (Михайло Потапыч). Так что за фамилией может стоять и ирония, и нежность — что именно, теперь уже не узнать.

В письменных источниках фамилия встречается с XVII века, когда за крестьянами и посадскими людьми начали закреплять наследственные прозвания. Мишунины были, судя по всему, людьми простого звания: пахали землю, держали ремесло, служили в стрельцах. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках не значится, что косвенно подтверждает её крестьянское происхождение.

Сегодня фамилия Мишунин нередка в Поволжье и на Урале, куда переселенцы уходили за землёй и волей. Носители её живут и в Сибири, и в Москве, но корень остаётся прежним — простое русское имя, сокращённое до домашнего прозвища и застывшее в веках как родовой знак.