Фамилия Мишунин восходит к крестильному мужскому имени Михаил, которое в переводе с древнееврейского означает «благонравный». Это имя считается довольно распространённым на Руси и имеет несколько уменьшительных вариантов: Мишуля, Миха, Михал, Михалко, Миша, Мишуня.