Фамилия Мишуничева — женская форма, мужской вариант — Мишуничев. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Мишуня. Такие имена на -уня (Мишуня, Ванюня, Петруня) в старину образовывали от крестильных имён и часто давали детям в быту. В данном случае Мишуня — уменьшительная форма от имени Михаил (др.-евр. «кто как Бог»). Следовательно, родоначальника фамилии звали Мишуня, то есть попросту Миша.

Особенность фамилии — суффикс -ичев. Он указывает на патронимическое происхождение: Мишуничев буквально значит «сын Мишуни». Суффикс -ич-/-ичев- характерен для северных и северо-восточных русских земель (новгородские, псковские, вологодские говоры), а также для белорусской и польской традиции. В центральной России чаще использовали -ов/-ев, поэтому Мишуничев — фамилия, которая выдаёт региональную или сословную особенность: в старину так могли писаться крестьяне и посадские люди Севера, реже — дворяне, чьи предки вышли из тех краёв.

Встречается также вариант написания Мишуничева с ударением на втором или третьем слоге — это зависит от местного говора. Родственные фамилии: Мишунин (от той же основы Мишуня), Мишуков (от Мишук), Мишутин (от Мишута). Все они восходят к одному корню — имени Михаил, но различаются суффиксами, которые указывали на разные формы прозвища.

Сословная принадлежность первых Мишуничевых не зафиксирована в открытых источниках, но по модели образования можно предположить, что это была крестьянская или мещанская фамилия. В документах XVII–XVIII веков люди с такими патронимами часто числились в писцовых книгах как «Мишуня Иванов сын», а фамилия закрепилась за потомками уже в XIX веке, когда крестьянам массово давали фамилии по имени отца или деда.