Фамилия Мишунов — это классический пример русской модели «суффикс -ов + основа». Она образована от имени или прозвища Мишун. В основе здесь не имя Михаил напрямую, а его уменьшительно-разговорная форма — Мишун. Такие формы (Мишун, Мишута, Мишата) были широко распространены в крестьянской и посадской среде: они короче полного имени, удобнее в быту и несут оттенок просторечной ласки.

Суффикс -ун в русских прозвищах и именах многозначен. Иногда он указывает на деятеля («говорун», «крикун»), но в личных именах чаще служит для образования ласкательных вариантов. Мишун — это «маленький Михаил» или «Миша». Фамилия на -ов, таким образом, означает «сын Мишуна» или «потомок Мишуна». Это типичная для XVI–XVII веков патронимическая фамилия, которая закрепилась за семьёй, когда отчество перестало быть временным и стало наследственным.

Интересно, что фамилия Мишунов встречается заметно реже, чем Мишин или Михайлов. Это говорит о том, что форма «Мишун» была локальной или диалектной. Она могла быть характерна для определённых районов — например, для северных или центральных губерний, где в говорах сохранялись старые усечённые формы имён. В современных базах данных Мишуновы чаще всего записаны в Воронежской, Рязанской и Нижегородской областях, что подтверждает региональную привязку.

Словообразовательный конкурент — фамилия Мишутин, где суффикс -ут (Мишута). Обе фамилии идут из одного гнезда, но Мишунов — более архаичная модель, уходящая корнями в допетровскую эпоху, когда фамилии ещё не были строго регламентированы и образовывались от обиходных форм имён, а не от полных. Сословно Мишуновы, скорее всего, были крестьянами или однодворцами: фамилии на -ов от просторечных имён редко встречаются у дворянства, где предпочитали формы на -ский или от полных имён.

Если копнуть ещё глубже, нельзя исключать и прозвищную версию. В некоторых говорах «мишун» могло быть диалектным словом для обозначения медведя (от «мишка»). Тогда фамилия могла возникнуть не от имени, а от прозвища человека, которого сравнивали с медведем — по силе, неуклюжести или внешности. Но это предположение уступает основной, именной версии: слишком уж прямая связь с именем Михаил, и прозвищная параллель здесь вторична.