Фамилия Мишунькин образована от имени Мишунька, народной формы крестильного мужского имени Михаил, которое в переводе с древнееврейского языка означает «благонравный». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мишунька, со временем получил фамилию Мишунькин.