Фамилия Мишунькин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Мишунькин послужило церковное имя Михаил. Фамилия Мишунькин образована от имени Мишунька, народной формы крестильного мужского имени Михаил, которое в переводе с древнееврейского языка означает «благонравный». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мишунька, со временем получил фамилию Мишунькин. О точном месте и времени возникновения фамилии Мишунькин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Мишунькин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.