Фамилия Мишунина напрямую связана с мужским именем Михаил, точнее — с его просторечной и очень ласковой формой Мишуня. Имя Михаил пришло на Русь вместе с христианством и в переводе с древнееврейского означает «благонравный» или «тот, кто подобен Богу». От этого имени в народе образовалось множество уменьшительных вариантов: Миша, Мишуля, Михал, Михалко и, наконец, Мишуня. Именно от последней формы и появилась фамилия Мишунина.

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий: к основе «Мишун» добавили суффикс «-ин», который указывает на принадлежность. Первоначально Мишунина означало «чей-то сын» или «чья-то жена», то есть отвечало на вопрос «чей?». Так, Мишуниным называли ребёнка или домочадца человека по прозвищу Мишуня. Суффикс «-ин» в русских фамилиях встречается реже, чем «-ов», но он столь же древний и характерен для имён, оканчивающихся на гласную или мягкий согласный.

Скорее всего, основатель рода Мишуниных был выходцем из простого сословия — крестьян или посадских людей. Фамилии с уменьшительными формами имён часто закреплялись именно в народной среде, где человека звали не полным именем, а домашним прозвищем. В документах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян и ремесленников, записанных как Мишунины, что подтверждает их недворянское происхождение.

Интересно, что фамилия Мишунина сохранила в себе архаичную форму имени, которая сегодня почти вышла из живого употребления. Сейчас вряд ли кто-то назовёт ребёнка Мишуней, а в старину такое обращение было обычным делом. Таким образом, фамилия — это не просто родовое имя, а застывший слепок народной речи, где сохранилось то, как звучало имя Михаил в повседневном общении несколько веков назад.

Встречается фамилия преимущественно в центральной России и Поволжье, что косвенно подтверждает её крестьянские корни: именно в этих регионах была высокая плотность сельского населения, и фамилии там закреплялись раньше и устойчивее. Мужской вариант фамилии — Мишунин — тоже существует, и оба они образованы от одной основы, просто женская форма склоняется по правилам притяжательных прилагательных.