Фамилия Мишунин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Мишунин послужило церковное имя Михаил. Фамилия Мишунин восходит к крестильному мужскому имени Михаил, которое в переводе с древнееврейского означает «благонравный». Это имя считается довольно распространённым на Руси и имеет несколько уменьшительных вариантов: Мишуля, Миха, Михал, Михалко, Миша, Мишуня. О точном месте и времени возникновения фамилии Мишунин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Мишунин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.