Фамилия Мишуничев — один из тех редких случаев, когда на первый взгляд прозрачная основа таит в себе неожиданный поворот. Если разложить её по полочкам, сразу бросается в глаза суффикс «-ичев». Он указывает на отчество, образованное от имени или прозвища с помощью патронимического суффикса «-ич». В русской традиции фамилии на «-ичев» (как и на «-ич») чаще встречались на западе и северо-западе страны, в частности в новгородских и псковских землях, а также в Белоруссии. Это сразу отсекает фамилию от более распространённых московских моделей на «-ов» и «-ин».

Казалось бы, основа «Мишун» — это производное от имени Михаил. Уменьшительные формы «Миша», «Мишуня», «Мишутка» известны каждому. Однако суффикс «-ичев» требует, чтобы исходное имя или прозвище оканчивалось на «-ич» или хотя бы на мягкий согласный. Прямая форма «Мишун» дала бы фамилию «Мишунов», а не «Мишуничев». Поэтому более вероятно, что в основе лежит не просто уменьшительное, а полное отчество «Мишунич», то есть «сын Мишуни». А уже от этого отчества образовалась фамилия. Другими словами, предка звали Мишуня, его сына в документах могли записать как Мишунич, а внук уже получил фамилию Мишуничев.

Есть и вторая, более редкая версия, которую стоит упомянуть из-за необычности суффикса. В некоторых говорах «мишуня» могли называть не человека, а медвежонка — от «мишка» (медведь). Прозвище «Мишуня» мог получить либо человек с медвежьей внешностью и силой, либо, что вероятнее, охотник или бортник, имевший дело с этим зверем. В таком случае Мишуничев — потомок человека, которого в округе знали под прозвищем Мишуня, возможно, за характер или род занятий.

Таким образом, носитель фамилии Мишуничев почти наверняка происходит из западнорусских или белорусских земель, а его предок в XVI–XVII веках носил имя или прозвище Мишуня, которое затем через отчество закрепилось в фамильной форме.