Фамилия Мишуева образована по самой распространённой в России модели — с помощью суффикса -ев, который присоединяли к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или шипящий. В данном случае основа — Мишуй. Это краткая форма одного из крестильных имён, скорее всего Михаил. В народной речи Михаил превращался в Михайло, а от него — в уменьшительные Миша, Мишук, Мишута и Мишуй. Последняя форма, Мишуй, встречается в старых документах: в XV–XVII веках так звали крестьян и посадских людей в Новгородских и Вятских землях. Получается, что Мишуева — это буквально «дочь, жена или потомок Мишуя».

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с нецерковным именем-прозвищем Мишуй, которое давали по поведению: глагол «мишулить» в некоторых говорах означал «хитрить, лукавить, юлить». Однако в ономастике предпочитают объяснять фамилии от крестильных имён, если для прозвищной версии нет прямых письменных подтверждений. Для Мишуевой таких подтверждений пока нет, поэтому версия с именем Михаил выглядит убедительнее.

Географически фамилия тяготеет к северу и центру России. По данным переписей XIX века, Мишуевы чаще всего встречались в Вологодской, Костромской и Нижегородской губерниях. Это косвенно подтверждает старую новгородскую колонизацию: именно оттуда пошли многие фамилии на -уй (Торопуй, Кривуй, Мишуй). В современных адресных базах Мишуева — фамилия нечастотная, но устойчивая, без резких всплесков в одном регионе.

У фамилии есть любопытная особенность: она сохранила редкую словообразовательную модель. В русских фамилиях суффикс -уй встречается реже, чем -ук или -уха, и почти всегда указывает на древнюю, допетровскую основу. Если ваш предок носил фамилию Мишуев, то, скорее всего, его родословная уходит в XVI–XVII века, в среду свободных крестьян или посадских людей Русского Севера.