Фамилия Мишугина — женская форма от Мишугин, а та, в свою очередь, восходит к прозвищу Мишуга. В русском языке суффикс -уга (-юга) встречается нечасто и придаёт слову оттенок просторечия или увеличительности. Он мог указывать на человека с ярко выраженной чертой: «мишуга» — тот, кто мишурный, то есть показной, хвастливый, любящий внешний блеск. Мишурой на Руси называли дешёвую позолоченную нить, имитацию золота, отсюда и переносное значение — нечто фальшивое, ненастоящее. Прозвище Мишуга могли дать щеголю, который любил пустить пыль в глаза, или, напротив, человеку неискреннему.

Впрочем, возможна и другая версия, менее очевидная. В некоторых говорах «мишуга» могло быть вариантом слова «мешуга» — так называли бестолкового, суетливого человека. Слово это, в свою очередь, имеет тюркские корни (сравните с татарским «мешук» — мешок, неповоротливый). Но более вероятно, что перед нами всё-таки исконно славянское образование от «мишура».

Фамилия Мишугин (и Мишугина) — довольно редкая. Встречается преимущественно в центральных областях России, особенно в старых записях по Тверской и Ярославской губерниям. Сословная принадлежность носителей, скорее всего, была крестьянской или мещанской: такие «увеличительные» прозвища с суффиксом -уга редко закреплялись в дворянских родах.

Стоит отметить, что фамилия Мишугина не имеет отношения к имени Михаил или его производным (Миша, Мишук). Это самостоятельное образование от нарицательного слова, что делает её особенно интересной для этимолога: здесь не отчество, а характеристика, данная предку за его поведение или внешность.