Фамилия Мишугины — редкий случай, когда разбор упирается не в прозвище или профессию, а почти наверняка в крестильное имя. Основа здесь — Мишуга, уменьшительно-ласкательная форма от канонического имени Михаил. Суффикс -уг- (-юг-, -аг-, -яг-) в русских именах и прозвищах придавал оттенок фамильярности или, наоборот, ласки: от Михаила — Миша, от Миши — Мишуга, подобно тому как от Ивана делали Ванюгу. Формант -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Мишугин, то есть сын, потомок Мишуги.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России. Встречается в старых переписях Вологодчины, Костромской губернии и Поволжья. Там суффикс -уга был особенно живуч и дал целый пласт фамилий: Анисимов — Анисимуга, Федотов — Федотуга, Ермолов — Ермолуга. То есть Мишугины — не единичный случай, а часть региональной словообразовательной модели.

Версия о происхождении от прозвища Мишуга, связанного с глаголом «мишулить» (хитрить, обманывать, говорить невнятно), менее вероятна. Этот глагол фиксируется в диалектах, но крайне редко, и фамилия тогда должна была бы иметь иную частотность. Приоритет остаётся за именной основой: Михаил — одно из самых распространённых крестильных имён, и его производные дали сотни тысяч фамилий.

Социальный состав Мишугиных, судя по архивным данным XIX века, — в основном крестьяне и мещане. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что логично: фамилия образована от простонародной формы имени, а не от прозвища, которое могло бы стать основой для служилого рода.

Таким образом, Мишугины — это «Михайловы», но в местном, диалектном звучании. Фамилия говорит о том, что предок носителя жил в среде, где имя Михаил переделывали по-свойски, с суффиксом, характерным для севернорусского говора. Других убедительных версий, например от тюркских или финно-угорских корней, ономастика не предлагает.