Фамилия Мишугов образована от прозвища или имени Мишуг. В её основе лежит тюркский корень: в ряде тюркских языков слово «мишуг» означает «медведь». Прозвище могли дать человеку за физическую силу, неуклюжесть, угрюмый нрав или внешнее сходство с медведем. Не исключено, что в основе лежит и диалектное русское слово «мишуга» — так в некоторых говорах называли шалуна, проказника, непоседу. Вторая версия менее распространена, но тоже имеет право на существование.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть Мишугов — сын или потомок Мишуга. Фамилия относится к так называемым патронимическим, то есть образованным от личного прозвища или нецерковного имени. По сути, Мишугов — это «Мишугов сын», где Мишуг — имя или прозвище отца.

География фамилии тяготеет к югу России и Поволжью. Чаще всего Мишуговы встречаются в Ростовской, Волгоградской, Астраханской областях, а также в Краснодарском крае. Это косвенно подтверждает тюркскую версию происхождения: именно в этих регионах исторически сильны тюркские языковые влияния (татарское, ногайское, калмыцкое). Фамилия не относится к числу дворянских или старых боярских родов, её носители — в основном крестьяне, казаки и мещане.

В ономастических справочниках фамилия Мишугов нередко соседствует с однокоренными Мишуков, Мишутин, Мишуткин, но отличается суффиксом. Суффикс -ов здесь указывает на более позднее или более «обрусевшее» оформление, в отличие от, скажем, фамилий на -ин, которые часто связаны с основами на -а. В написании фамилии встречается вариант Мишугов — с ударением на последний слог, что тоже характерно для южнорусского произношения.