Фамилия Мишуганов образована от прозвища или нецерковного имени Мишуган. В основе этого слова лежит древнерусский глагол «мишугать» — в разных говорах он означал «мигать», «щуриться», «подмигивать», а также «колебаться, сомневаться». Таким образом, Мишуганом могли назвать человека с беспокойным взглядом, того, кто часто моргал или щурился, либо, в переносном смысле, нерешительного, колеблющегося человека.

Суффикс -ан- в русских прозвищах часто указывал на носителя характерного признака или действия (сравните: крикун, молчун, гуляка). Модель «основа глагола + -ан» давала прозвище по яркой, заметной черте поведения. В данном случае Мишуган — тот, кто «мишугает», то есть постоянно мигает или щурится.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: к прозвищу Мишуган добавился суффикс принадлежности -ов, означающий «сын Мишугана». Поэтому Мишуганов — это потомок человека по прозвищу Мишуган.

В говорах встречаются и другие однокоренные слова: «мишуга» — так в некоторых областях называли зайца (вероятно, из-за бегающих глаз), а также «мишук» — неуклюжий, мешковатый человек. Однако именно форма с суффиксом -ан- закрепилась в фамилии, что указывает на активный, а не статичный признак.

Фамилия довольно редкая. Географически она может быть связана с северными и центральными регионами России, где фиксировались говоры с глаголом «мишугать». Встречается также вариант написания Мишюганов, что связано с особенностями произношения в некоторых диалектах (цоканье или яканье). Сословного барьера у фамилии не было: прозвище Мишуган могли дать и крестьянину, и посадскому человеку, а фамилия закрепилась за его потомками уже в XVII—XVIII веках.