Фамилия Машугина — женская форма мужской фамилии Машугин. В основе лежит имя или прозвище Машуга. Здесь работает типичная для восточнославянских фамилий модель с суффиксом -ин: он указывает на принадлежность «чей?» — сын Машуги, дочь Машуги.

Корень восходит к каноническому имени Матфей (в народной форме Матвей) или к Матфий. В русских говорах эти имена дали множество производных: Матюха, Матюня, Матюша, а также Машута и Машуга. Формант -уга (или -юга) носит экспрессивный оттенок: так образовывали прозвища от имён, часто с ласкательной или, наоборот, фамильярной окраской. Машуга — это «Матвеюшка», «Матвейка» в уменьшительно-пренебрежительном или просто обиходном варианте.

Сложность в том, что Машуга могло быть и самостоятельным прозвищем, не связанным с крестильным именем. В южнорусских и украинских говорах «машуга» — баловень, избалованный ребёнок, а в некоторых диалектах — тот, кто любит размахивать руками, махать. Прозвище могли дать непоседливому или суетливому человеку. Однако более вероятна версия с именем Матвей: подавляющее большинство фамилий на -ин в русской среде образовано от крестильных имён в уменьшительной форме.

Географически фамилия Машугин встречается преимущественно в центральных и южных областях России, а также в Поволжье. Среди однокоренных — Машутин (от Машута) и Матюгин (от Матюга). Все они — результат народной переработки имени Матвей, и фамилия Машугина в этом ряду — одна из самых редких по словообразовательному типу.

Если говорить о социальном контексте, то носители фамилии в большинстве своём происходили из крестьянской или мещанской среды: в документах XVII–XIX веков люди с такой фамилией записаны как пашенные крестьяне, однодворцы или посадские. Дворянских родов Машугиных не известно, что подтверждает её «низовое» происхождение.