Фамилия Мишутова — женская форма, мужская — Мишутов. Она образована от имени или прозвища Мишута. Это не просто уменьшительная форма от Михаил. В русских говорах суффикс -ут(а) несёт оттенок не столько ласкательности, сколько пренебрежительности или просторечия: «Мишута» — это не столько маленький Миша, сколько свойский, простоватый или даже нерасторопный человек. В ономастике такие формы (Ванюта, Петрута, Гришута) часто закреплялись за крестьянами или мелкими ремесленниками в северных и центральных губерниях — там, где цокали и акали, и «Мишута» звучало как бытовая кличка.

Суффикс -ов в фамилии указывает на принадлежность: «сын Мишуты» или «из семьи Мишуты». В отличие от фамилий на -ин (Мишутин), которые тоже встречаются, форма Мишутов старше по модели — она типична для прозвищ, а не для крестильных имён с мягкой основой. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования от прозвищных форм на -ут(а) отнесены к разряду неканонических, то есть возникших вне церковной традиции.

Географически фамилия Мишутов (и Мишутова) встречается нечасто. Основной ареал — южные и центральные области России: Тульская, Рязанская, Липецкая области. В XIX веке носители фамилии чаще всего были государственными крестьянами или однодворцами, то есть людьми, которые несли службу на границе, но не были крепостными. В ревизских сказках по Тульской губернии (1782, 1795 годы) встречаются записи о крестьянине Мишуте, от которого пошла фамилия.

Есть и редкая версия, что в основе лежит не имя, а диалектное слово «мишута» — так в некоторых говорах называли медвежонка (от «мишка»). Если это так, то прозвище могло быть связано с неуклюжестью, силой или внешним сходством. Но эта версия менее вероятна, потому что прозвище «Мишута» в документах XVII–XVIII веков фиксируется именно как личное имя, а не как апеллятив.