Фамилия Мишуткина образована от имени Мишутка, народной формы крестильного мужского имени Михаил, которое в переводе с древнееврейского языка означает «благонравный». Скорее всего, основатель рода Мишуткиных был выходцем из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мишутка, со временем получил фамилию Мишуткина.