Фамилия Мишуткина образована от имени Мишутка — народной, уменьшительной формы крестильного имени Михаил. В переводе с древнееврейского оно означает «благонравный» или «тот, кто подобен Богу». Такое имя в старину было одним из самых распространённых на Руси, поэтому и производных от него фамилий возникло множество: Михайлов, Михайлович, Мишин, Мишков, Мишутин, Мишуткин.

Имя Мишутка звучало ласково и по-домашнему. Его использовали в быту, в кругу семьи, а в официальных документах человек чаще всего записывался полным именем. Поэтому фамилия Мишуткина указывает на то, что её основатель, скорее всего, принадлежал к простому сословию: крестьянам, ремесленникам или посадским людям. В дворянской среде такие «домашние» прозвания закреплялись за родом гораздо реже.

Суффикс «-ин» в фамилии указывает на принадлежность: Мишуткина — это «дочь или жена Мишутки», а сам Мишуткин — «сын Мишутки». Такая модель типична для северных и центральных русских земель, где отчества на «-ин» образовывались от имён, оканчивающихся на согласный или на «-а».

Интересно, что в отличие от более строгих форм вроде Михайлова, фамилия Мишуткина сохранила именно уменьшительную основу. Это говорит о том, что прозвище закрепилось за человеком ещё в детстве или в кругу близких, а позже перешло к его потомкам. В некоторых говорах «мишуткой» могли назвать и человека с мягким, добродушным характером, медлительного или большого ростом — по аналогии с медведем.

Стоит различать фамилии Мишуткин и Мишутин. Они образованы от разных форм одного имени: Мишутка и Мишута. Обе формы существовали параллельно, но фамилия Мишуткина встречается реже, что делает её более узнаваемой. Сейчас она бытует преимущественно в центральной России и Поволжье, хотя отдельные ветви рода могли расселиться по всей стране.

Потомок человека по имени Мишутка со временем получил фамилию Мишуткина — так за потомками закрепилась память о предке, которого в семье звали просто и тепло.