Фамилия Мишуткин отвечает на вопрос «чей ты?» и образована через суффикс -ин от ласкового имени Мишутка. Так в старину звали мальчика по имени Михаил, а суффикс -утк- придавал имени оттенок нежности и родственной близости. Получается, что фамилия означает «сын Мишутки» или «из семьи Мишутки», и впервые её могли дать не самому Михаилу, а его уже взрослому ребёнку, чтобы отличать его от других односельчан.

Имя Михаил пришло на Русь вместе с христианством из древнееврейского языка. В оригинале оно звучало как «Микаэль» и переводится как «благонравный» или, по другой версии, «тот, кто подобен Богу». В народе это имя быстро прижилось и дало огромное количество производных форм: Миша, Мишаня, Мишук, Мишутка. Каждая из этих форм со временем могла стать основой для отдельной фамилии, поэтому у Мишуткиных есть много «родственников» — Мишины, Мишуковы, Мишагины.

Сам суффикс -утк- в имени Мишутка — редкий гость в современных фамилиях. Чаще встречаются фамилии на -ин от простых уменьшительных форм вроде Мишин или Петин. А вот форма с -утк- сохранила более архаичный, «домашний» оттенок. В русских говорах такие имена с уменьшительными суффиксами были особенно распространены в северных и центральных губерниях, где в документах XVII–XVIII веков крестьян часто записывали не полным именем, а именно обиходным: Мишутка, а не Михаил.

Важно понимать, что фамилия Мишуткин не связана напрямую с медведем, хотя созвучие с «мишуткой» — сказочным медвежонком — напрашивается само собой. Народная этимология часто подталкивает к такой версии, но она ошибочна. В основе лежит именно крестильное имя Михаил, а медвежье прозвище если и существовало, то не оставило следов в этой фамилии. Поэтому потомок Мишуткиных может быть уверен: его предок носил имя, означавшее «благонравный», и фамилия досталась ему по прямой линии от этого человека.

Сословных ограничений фамилия не имела. Мишуткины встречались и среди крестьян, и среди мещан, и среди служилых людей. В переписных книгах и ревизских сказках такая фамилия фиксируется с XVIII века, но сама модель образования намного старше — она уходит корнями в ту эпоху, когда отчества ещё не стали обязательными, а прозвание по отцу передавалось дальше без изменений.