Фамилия Мишуткин образована от имени Мишутка, произвводной формы крестильного мужского имени Михаил, которое в переводе с древнееврейского языка означает «благонравный». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мишутка, со временем получил фамилию Мишуткин.