Фамилия Машуткин образована от имени или прозвища Машутка. В русской антропонимии суффикс -ут(а) (или -утк(а)) встречается нечасто, но он характерен для уменьшительно-ласкательных форм личных имён. В данном случае основа, скорее всего, восходит к имени Маша (каноническая форма Мария). Машутка — это ласковое обращение к девочке или женщине по имени Мария, с суффиксом, который придаёт оттенок нежности и фамильярности, как, например, в формах Ванютка, Танютка. Фамилия закрепилась в форме притяжательного прилагательного: «чей сын?» — Машуткин, то есть потомок человека, которого в быту звали Машуткой.

Есть и другая, менее очевидная версия. В некоторых говорах «машута» могло быть прозвищем, связанным с глаголом «махать». Так могли назвать человека с порывистыми движениями, суетливого или, наоборот, того, кто часто машет рукой, приветствуя или подзывая. Однако эта гипотеза слабее: прозвища от «махать» обычно давались в форме Махай, Махальник, а суффикс -ут- для таких основ нетипичен. Поэтому версия с уменьшительной формой от Мария выглядит правдоподобнее.

Фамилия Машуткин — сравнительно редкая. Она не попала в массовые списки дворянских или купеческих родов, а бытовала преимущественно в крестьянской и мещанской среде. Географически её следы чаще всего встречаются в центральных и северных регионах России, где были распространены «окающие» говоры и сохранялись старые уменьшительные формы. Например, в Вологодской и Архангельской областях такие фамилии на -уткин встречаются чаще, чем в южных губерниях.

Словообразовательная модель Машуткин — типичная для русских фамилий от женских имён. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Машуткин — «сын Машутки». В XIX веке такие фамилии нередко давали детям, если в семье главой считалась мать (например, вдова) или если женское имя было более употребительным в быту. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от мужских имён, Машуткин — один из примеров, когда в основе лежит женское имя, что подчёркивает её бытовое, а не официальное происхождение.