Фамилия Маруткин — наглядный пример того, как в русском языке из одного корня выросли разные фамилии, и на её примере удобно разбирать механизм образования прозвищ. В основе лежит имя или прозвище Марутка. Это уменьшительная форма от канонического имени Марк (через народную форму Марута) или от Мартин (Марута как вариант Матюти). Но есть и более прозаичная версия: в северных и центральных говорах «маруткой» называли человека неопрятного, небрежного, того, кто «марается». Слово «маруткий» означало «пачкающийся», «грязный», и прозвище могло закрепиться за неряшливым крестьянином или, наоборот, за тем, кто работал с грязью — гончаром, печником, землекопом.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Маруткин — это «сын Марутки» или «человек из рода Маруткиных». В русской антропонимии XVII–XVIII веков такие фамилии на -ин чаще всего давались по отцу, и закреплялись в основном за крестьянами и мещанами, реже — за духовенством. Дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её «низовое» происхождение.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку России. Наибольшая концентрация носителей — в Кировской области, Пермском крае, на Вятке и в Костромской губернии. В этих краях слово «маруткий» было в ходу, а имя Марк не было таким редким, как в южных регионах. Если искать однокоренные фамилии, то логично сравнить Маруткина с Марутиным, Марушкиным и Марухиным — все они могли возникнуть в одной местности от одного и того же прозвищного или именного корня.

Спорный момент: некоторые этимологи связывают Маруткина с тюркским «марут» (ленивый, медлительный), но это маловероятно. Фамилия не встречается в татарских или башкирских родах, а её суффикс типично русский. Так что версия с «марутким» и именем Марк остаётся основной, без натяжек.