Фамилия Махруткина — женская форма фамилии Махруткин, и её разговорная, «домашняя» природа заметна сразу. В отличие от фамилий на -ов или -ин, которые часто происходят от отчества или имени отца (Иван — Иванов, Пётр — Петров), фамилии с суффиксом -к- (вроде Махруткин) — это «второй этаж» словообразования. Сначала от имени или прозвища Махрутка сделали уменьшительную форму, а уже от неё — фамилию. Цепочка выглядит так: исходное имя или прозвище → Махрутка (ласкательное или обиходное) → сын Махрутки → Махруткин.

Корень фамилии — «Махр-». Самое вероятное объяснение: это вариант канонического имени Макарий (в переводе с греческого — «блаженный, счастливый»). В народном произношении имя часто искажали: Макарий превращался в Макар, а от Макара появлялись уменьшительные формы Макарушка, Макаря, а также Махрутка. Переход «ка» в «х» — не редкость для русских говоров (сравните: «тараканить» и «тарахтеть»). Таким образом, Махруткин — это «внук» или «сын» человека, которого в быту звали Махруткой, то есть Макаром.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «махорка» (грубый табак) или «махра» (бахрома, лохмотья). В этом случае прозвище Махрутка могли дать неряшливому человеку или, наоборот, тому, кто торговал махоркой. Однако эта версия слабее: фамилии от названий растений и тканей обычно образуются напрямую (Махоркин, Махров), а суффикс -утк- скорее указывает на личное имя.

Фамилия Махруткина — редкая. Её носители встречаются в основном в центральных и северных областях России, где имя Макар было особенно популярно. Географически она тяготеет к Вологодской, Костромской и Ярославской областям — региону, где сохранилось много фамилий от нецерковных форм крестильных имён. Если ваши предки Махруткины, скорее всего, они были крестьянами или посадскими людьми из этих мест, и фамилия закрепилась за ними не позднее XVII–XVIII веков, когда в обиход вошли «полуотчества» на -ка.