Фамилия Маруткина — женская форма, а её мужской вариант — Маруткин. Она образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — «Маруткин», то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Марутка.

Основа здесь — Марутка. Это имя или прозвище, которое почти наверняка связано с уменьшительно-ласкательной формой от канонического имени Марк или Мартин. В русской народной традиции имена часто усекали и добавляли суффикс -ут(а) или -утк(а) для придания разговорного оттенка. Так, Марк мог превратиться в Марутку, а Мартин — в Марутю, откуда и пошло Марутка. Возможна и более редкая версия: от имени Марута, которое в некоторых говорах бытовало как вариант Марии (Маруся, Марута). Но для фамилии Маруткин более вероятна основа мужского рода, так как суффикс -ин чаще присоединялся к прозвищам и именам мужчин.

В ономастических словарях фамилия Маруткин не относится к числу самых распространённых, но встречается в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской и Архангельской областях. Там, в северных говорах, имя Марк в быту нередко звучало как Марутка, что и закрепилось в фамилии. Носитель фамилии Маруткин мог быть потомком крестьянина или посадского человека, которого в документах записали по отцу — Марутке.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от полных форм (Марков, Мартинов), форма на -ин с усечённой основой (Маруткин) выдаёт более тесную, семейную связь с прозвищем. Это характерно для фамилий, возникших в среде, где человека называли не по официальному имени, а по домашнему, внутрисемейному прозвищу.