Фамилия Мишаткин образована от имени Мишатка, народной формы крестильного мужского имени Михаил, которое в переводе с древнееврейского языка означает «благонравный». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мишатка, со временем получил фамилию Мишаткин.