Фамилия Мишаев образована от лезгинского мужского имени Мишай, которое является вариантом древнееврейского имени Моисей, что переводится как «извлеченный из воды». Менее вероятно, что имя Мишай является производной формой имени Михаил, которое в переводе с древнееврейского языка означает «благонравный». Таким образом, потомок человека, которого звали Мишай, со временем получил фамилию Мишаев.