Фамилия Мишаков в подавляющем большинстве случаев — это обычная русская «патронимическая» фамилия, то есть образованная от имени отца. В её основе лежит уменьшительная форма крестильного имени Михаил (в переводе с греческого — «богоравный») — Мишак. Так на Руси могли звать не только ребёнка, но и взрослого мужчину в кругу близких или в среде простых людей, где полные имена употреблялись реже. Суффикс -ов в конце указывает на принадлежность: Мишаков буквально значит «сын Мишака», «Мишаков сын». По такой же модели появились тысячи русских фамилий от Иванов до Петров, и Мишаков здесь идёт в общем ряду.

Менее вероятная, но всё же возможная версия выводит фамилию из прозвища Мишак, которое давали человеку за манеру поведения или род занятий. В украинском языке есть глагол «мішати» — «мешать», и такое прозвище могло закрепиться за суетливым, беспокойным человеком или тем, кто постоянно вмешивался в чужие дела. Однако эта гипотеза слабее: во-первых, географически фамилия Мишаков больше распространена в великорусских землях, где украинское «мiшати» не звучало, а во-вторых, имя Михаил было настолько популярно на Руси, что его уменьшительные формы (Миша, Мишак, Мишаня, Мишук) дали жизнь множеству самостоятельных фамилий — Мишин, Мишагин, Мишуков, Мишакин. Мишаков — лишь одна из ветвей этого большого семейного древа.

Интересно, что форма Мишак в качестве самостоятельного имени встречается в старых русских документах, что подтверждает первую версию. В XV–XVII веках, когда фамилии только начинали закрепляться, отчество от такой формы и дало начало роду Мишаковых. Так что, скорее всего, предки носителей этой фамилии были обычными людьми, которых в быту звали Мишаками — от уменьшительного имени, а не от прозвища с негативным оттенком.