Скорее всего, фамилия Мишакова восходит к крестильному мужскому имени Михаил (в переводе с греческого – «богоравный»), а точнее от его уменьшительной формы – Мишак. Скорее всего, основатель рода Мишаковых был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Менее вероятно, что в основе этой фамилии лежит прозвище Мишак, образованное от украинского глагола «мiшати» - «мешать». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мишак, со временем получил фамилию Мишакова.