Фамилия Мишакина образована от уменьшительной формы крестильного имени Михаил — Мишака. В переводе с греческого Михаил означает «богоравный», но в народной среде это имя давно утратило торжественное звучание: от него возникали десятки домашних и уличных вариантов — Миша, Мишаня, Мишута, и в том числе Мишака. Такая форма с суффиксом -ак- характерна для просторечной, бытовой традиции именования: она звучит по-свойски, даже чуть грубовато, и указывает на близкое, неофициальное общение.

Сам суффикс -ак- в русских именах и прозвищах часто придавал слову оттенок «носитель признака»: сравните с прозвищами вроде Гуляка или Рычага. В случае с именем Мишака он просто делал имя короче и проще для повседневного зова. От этого имени и пошла фамилия: Мишакин сын, жена Мишаки, а затем и сама фамилия Мишакина. По модели образования она относится к типично русским фамилиям на -ин, которые закрепились за потомками человека с таким именем или прозвищем.

Скорее всего, основатель рода Мишакиных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. В документах XVII–XIX веков фамилии на -ин чаще всего фиксировались у простых сословий — крестьян, мастеровых, мещан, — тогда как дворянство чаще использовало формы на -ов/-ев или -ский. Поэтому фамилия Мишакина звучит как маркер своего, народного происхождения: её носители, вероятно, жили в деревне или в посаде и занимались земледелием, ремеслом или промыслом.

Интересно, что фамилия сохранила именно женскую форму — Мишакина, а не мужскую Мишакин. В современном русском языке это обычная практика: женщина носит фамилию в форме женского рода, но исторически обе формы восходят к одному предку-мужчине. Если искать параллели, то рядом стоят однокоренные фамилии Мишаков, Мишагин, Мишанин — все они образованы от разных уменьшительных вариантов того же Михаила, и это показывает, насколько популярно было имя в народе.

Точных сведений о конкретных носителях фамилии Мишакина в открытых источниках мало, и это нормально для фамилии, которая не принадлежала знатным родам. Зато само её звучание и словообразовательная модель говорят о главном: предки Мишакиных были обычными людьми, которых окрестили Михаилами, а в быту звали Мишаками, и это имя закрепилось за их потомками на века.