Мужское крестильное имя Михаил имеет древнееврейское происхождение и означает «благонравный». В основу же фамилии Мишагина, вероятно, легла одна из его просторечных форм - Мишага. Скорее всего, основатель рода Мишагиных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мишага, со временем получил фамилию Мишагина.