Фамилия Мишагина отвечает на вопрос «чей?» и образована от личного имени или прозвища Мишага. Это одна из просторечных, обиходных форм крестильного имени Михаил, которое пришло на Русь вместе с христианством из древнееврейского языка и означает «благонравный», «подобный Богу». В народной среде полное церковное имя быстро обрастало уменьшительными и фамильярными вариантами: Миша, Мишаня, Мишута, а также Мишага. Именно последняя форма, по самой вероятной версии, и легла в основу фамилии.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мишагина буквально значит «дочь или жена Мишаги». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от слов, оканчивающихся на -а или -я. Важно, что форма Мишага характерна для северных и северо-восточных говоров, где звук «ш» перед гласным мог смягчаться или заменяться на «г» в некоторых диалектных формах, хотя чаще встречается именно вариант с «ш». Впрочем, не исключено и прямое образование от глагола «мишать» — в некоторых говорах это означало «медлить», «мешкать», «задерживаться». Тогда Мишагой могли прозвать неторопливого, вдумчивого человека. Эта версия менее распространена, но имеет право на существование, поскольку прозвища от глагольных основ в русской ономастике не редкость.

Сословная принадлежность предков, скорее всего, была простой. Фамилии на -ин в массе своей закрепились за крестьянами, мещанами и посадскими людьми, тогда как дворянство чаще получало фамилии на -ов/-ев или -ский. Поэтому основатель рода Мишагиных, вероятно, был человеком из крестьянской или ремесленной среды, которого в документах записали по имени отца: «Иван Мишагин сын» — то есть сын Мишаги. Со временем притяжательное прилагательное застыло в родовом прозвании и передалось потомкам уже как фамилия.

В написании фамилии встречается вариант с одной буквой «г» — Мишагина, что соответствует литературной норме. Ударение, как правило, падает на второй слог — Миша́гина, хотя в отдельных семьях можно услышать и ударение на первый. В целом фамилия редкая, нечастотная, и её географическое распространение тяготеет к Поволжью и Уралу, где диалектная форма Мишага была наиболее употребительной. В архивных документах XVII–XVIII веков встречаются отдельные упоминания крестьян с таким прозвищем, но систематических данных о знаменитых носителях фамилии нет, что только подтверждает её народное, недворянское происхождение.